国库单一帐户体系是以国库存款帐户和预算外资金财政专户为主要内容，全面反映财政资金收付的各类帐户的总和。它包括：国库存款帐户、预算外资金财政专户、财政零余额帐户、预算单位零余额帐户和财政部门为预算单位开设的特设专户。
国库单一账户：财政部门在中国人民银行开设国库单一账户，按预算收支科目和资金使用性质设置收入和支出分类账。国库单一账户为国库存款账户。
国库集中支付总户：财政部门在会计核算中心的代理银行设立国库集中支付总户，用于财政直接支付的工资、采购支出；财政授权支付的零星支出；记录、核算和反映预算单位各项支出。
预算单位零余额分账户：会计核算中心在国库集中支付总户下为预算单位开设零余额分账户，该分账户与国库集中支付总户是同一账户，由会计核算中心按预算单位进行分户核算。用于记录、核算和反映预算单位的零星支出。分账户用于财政授权支付，实行零余额管理。
预算外资金财政专户：财政部门在商业银行开设预算外资金财政专户。
特设专户：经财政部和省人民政府批准或授权财政部门开设的专户（即特设专户）。
建立国库支付中心。财政部门可成立国库支付中心，与会计核算中心两块牌子，一套机构。该中心有两项任务：一是财政国库支付执行的职能，二是会计集中核算的职能。
国库集中支付范围。国库集中支付范围包括所有财政性资金，预算安排的经常性经费，专项经费、预算外安排的经常性经费、专项经费，中央和上级部门安排的专项经费
国库单一帐户体系中的国库存款帐户、预算外资金财政专户由财政局国库科管理；财政零余额帐户、预算单位零余额帐户和财政部门为预算单位开设的特设专户由财政国库支付中心使用和管理；财政国库支付中心通过零余额帐户支付的资金在代理银行清算后，每日填制《预算支出结算清单》与国库科结算资金。
财政零余额帐户是财政部门在商业银行开设的银行帐户。该帐户由财政部门管理和使用，用于记录、核算和反映实行财政直接支付方式的资金活动，并与国库单一帐户内的相关帐户进行资金清算。按照财政国库管理制度的规定，在办理财政直接支付业务时，由代理银行先支付资金，从财政零余额帐户中将资金支付到收款人帐户；然后，代理银行将支付的资金在每天规定的时间与人民银行国库或预算外资金专户进行清算,将当天支付的资金从人民银行国库或预算外资金专户划转到财政零余额帐户中；清算后，财政零余额帐户的余额为零，所以称之为财政零余额帐户。
预算单位零余额帐户是财政部门为预算单位在商业银行(代理银行)开设的银行帐户。该帐户由预算单位管理和使用，用于记录、核算和反映实行财政授权支付方式的资金活动，并与国库单一帐户内的相关帐户进行资金清算。按照财政国库管理制度的规定，在办理财政授权支付业务时，由代理银行先支付资金，从预算单位零余额帐户中将资金支付到收款人帐户；然后，代理银行将支付的资金在每天规定的时间与人民银行或是预算外资金专户进行清算，将当天支付的资金从人民银行国库或预算外资金专户划转到预算单位零余额帐户中，清算后，预算单位的零余额帐户余额为零。
预算单位零余额帐户的使用规定：一个基层预算单位只能开立一个零余额帐户；预算单位零余额帐户只能核算实行财政授权支付方式的资金活动，不能核算其他资金；预算单位零余额帐户中事先并没有银行存款，只是财政部门下达的一个额度，这个额度预算单位可以随时使用；预算单位零余额帐户可以办理预算单位的转帐、提取现金等日常结算业务；可以向本预算单位按帐户管理规定保留的相应帐户划拨工会经费、住房公积金、提租补贴、养老保险、失业保险、医疗保险；除上述规定的六项划款之外，确需划转的款项需报财政国库部门审批，不得违反规定向本预算单位其他帐户和上级主管预算单位、所属下级预算单位帐户划拨资金。
预算单位零余额帐户的开立程序：预算单位开立零余额帐户时提出书面申请；报一级预算单位；一级预算单位汇总填制《财政授权支付银行开户情况汇总申请表》并附软盘和一级预算单位的书面材料报财政国库支付中心（附预算单位法人证书、单位组织代码复印件）；财政国库支付中心通知代理银行开设预算单位零余额帐户；代理银行将所开帐户的开户银行名称、帐号等详细情况报告财政国库支付中心和人民银行；财政国库支付中心通知一级预算单位；预算单位根据财政国库支付中心的开户通知，具体办理预留银行印鉴手续。
预算单位在改革实施之前的银行存款帐户暂时不撤销，已拨付的财政资金继续在原帐户中使用和核算；实行改革后财政授权支付的财政性资金通过预算单位零余额帐户核算，各预算单位严格按规定从中支用有关款项；财政部门是单位零余额帐户的管理部门，任何单位不得擅自设立、变更或撤销，人民银行按照有关规定加强对代理银行和零余额帐户的管理监督。
预算单位在清理现有银行帐户的基础上，填报《预算单位银行帐户统计表》，然后按规定程序和要求申报开设预算单位零余额帐户，由一级预算单位报财政局国库支付中心审批。